清同治年間,沈葆楨等人朝廷,為鄭成功建立專 祠,並於光緒年間(西元1875年)三月將現址舊有的開 山王廟拆除擴建。日據時期,日人列祠為開山神社, 曾重修過。
民國三十六年及五十二年,政府曾兩度重修本祠 ,而留下今天的面貌。