本宮原為明寧靖王的府邸，建於明永曆十八年(西元 1664年)，後來清將施琅征台勝利後，於清康熙二十三年 (西元1684年)奏請朝廷改建為媽祖廟，並加封媽祖為天后 ，所以又稱為天后宮，為台灣最早的宮建祀典媽祖廟。